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미국 무기제조 방위산업체 사이렉스의 중역인 리 컬른(바네사 윌리암스)은 결코 알아서는 안될 일급 비밀을 취급하게 된다. 그 결과 전 세계의 위협적인 세력들이 그녀를 제거하기 위해 움직인다. 그녀가 FBI로부터 이번에 받은 지령은 사이렉스가 제조한 최첨단 초강력 중화기 EM건(일명 Rail Gun)의 정보 파일을 디스켓에 복사하는 것인데 수행 중 불행하게도 리 컬른은 자신의 정보 반출 음모에 국방차관을 포함하여 미정부와 방위산업체의 최고위급 인사가 개입되어 있다는 사실을 깨닫지 못한다. 검은 세력들은 디스켓의 정보를 알고 있는 그녀를 온전히 살려두지 않을 것이고, 결국 살아남기 위해 그녀는 자신의 존재를 지워버려야 할 상황에 다다른다.

바로 이때 '이레이저' 존 크루거가 출현한다. 연방 경찰 존 크루거에게 이번의 보호 임무는 어느 임무보다 위험하다. 바로 정부의 고위 인사가 개입되어 있기 때문이다. 음모의 그물망은 뒤엉키고, 직면하는 위기는 더욱 위협적으로 치달리는 상황에서 존 크루거는 이들 세력보다 엄청난 파괴력을 지닌 최첨단 중화기인 EM건의 위력에 속수무책으로 노출된다. 아군으로 믿었던 세력이 적으로 돌변하는 세계에서 존 크루거와 리 컬른은 오직 서로만을 신뢰하지만 이들을 제거하려는 세력의 그물망은 점점 좁혀들고 마지막 격돌의 시간이 임박해 온다.